Los gastos operativos de la Corporación se financian por los sujetos obligados mediante el pago de una cuota periódica por unidad vendida o consumida, que se calcula en función de todos los costes incurridos por la Corporación en el ejercicio de sus funciones. En cumplimiento de lo establecido por el artículo 25.1 del R.D. 1716/2004, según redacción dada por el R.D. 1766/2007, se ha procedido a la determinación de la cuota unitaria por tonelada o metro cúbico vendido o consumido a abonar de forma proporcional a los días de existencias que la Corporación mantenga por cuenta de cada sujeto obligado.
Las cuotas las fija el Ministerio de Industria, Turismo y Comercio para cada año natural, a cuyo efecto, la Corporación elabora un presupuesto y eleva a dicho Departamento la propuesta correspondiente.
En los casos de determinadas empresas distribuidoras o consumidores de productos petrolíferos que no alcanzan un volumen de ventas o consumos del 0,5 por 100 del total de ventas o consumos de cada producto, pueden satisfacer una cuota a la Corporación que cubra los costes totales del mantenimiento de las existencias mínimas que gestiona en su lugar, incluidas las estratégicas.
Por lo que respecta a la adquisición de reservas estratégicas, su financiación se ha realizado, hasta el momento actual, con recursos ajenos procedentes de recursos a los mercados, mediante emisiones de obligaciones y préstamos bilaterales concertados con diversas instituciones financieras.